O programa funciona por edições com duração de um ano. Em cada edição são lançadas até duas chamadas públicas, uma para qualificar e habilitar aceleradoras e outra para a seleção de startups, com rodadas semestrais.

Na fase de habilitação são qualificadas, por meio de edital específico, as aceleradoras de empresas que serão parceiras do programa e responsáveis pelo processo de aceleração das startups. Após a habilitação das aceleradoras, até duas vezes por ano, ocorre a seleção das startups nacionais e internacionais que serão apoiadas pelo programa. Esta fase , uma a cada semestre.